صمم شعار الجامعة متضمناً عدداً من الإشارات والرؤى والتي ترمز إجمالاً إلي جوانب التاريخ والثقافة والعلوم.
- يرمز اللون الأزرق الي مياه نهر النيل الذي يعطي الحياة والنماء لسكان السودان، كما يرمز اللون الأصفر إلي الذهب الذي عرفت به بلاد النوبة في التاريخ القديم.
- أما الضوء المشع الذي يمر وسط الشعار فهو رمز المعرفه والتعليم وما يتبع ذلك من إنارة للعقل وتوسيع مداركة.
- وأخيراً كلمة النيل والتي هي أسم الجامعة فهي موجودة في الحروف الأبجدية المروية.